申請外銷水產品衛生證明，依外銷水產品特約檢驗辦法辦理，輸入國自訂衛生證明格式者依其規定，未訂者以本局訂定之一般格式衛生證明核發。就我國水產品主要外銷市場而言，目前強制要求水產品須檢附衛生證明且訂有格式之國家/地區為歐盟、以色列、土耳其、俄羅斯(關稅同盟)、巴西、澳洲，此外，本局另訂有輸中國之衛生證明格式。