34年：
臺灣光復，為統一檢驗機構，合併前日據時代肥料檢查所，植物檢查所，米榖檢查所、茶葉檢查所、罐頭檢查所等單位，組成臺灣省行政長官公署農林處檢驗局，下設肥料課、病蟲害檢驗課（植物課）、食糧課、特產課、畜產課、總務課、會計室、統計室、人事室、秘書室；並分別在基隆、新竹、臺中、臺南、高雄、花蓮等當地設立六分局。

35年9月：
檢驗局臺南分局成立。

37年：
工商部在臺灣省成立「商品檢驗局籌備處」。

38年5月：
嘉義辦事處、斗六辦事處成立。

48年9月：
臺灣省政府為統一臺灣農工礦產品之檢驗與檢疫，將前隸屬於台灣省政府農林廳之檢驗局及建設廳之工業試驗所合併成立為「臺灣省檢驗局」，原有分局改為檢驗所。

56年7月：
「臺灣省檢驗局」改隸經濟部，並改制為「經濟部商品檢驗局」，本分局亦隨之改隸。

59年：
總局「科」改編為「組」；所屬六個「檢驗所」均改為「檢驗分局」。

69年3月：
裁撤臺南分局斗六辦事處。

69年11月：
恢復臺南分局斗六辦事處。

70年6月：
臺南分局新廈落成（四層辦公廳）。

87年8月：
本分局動植物檢疫業務移撥「農委會動植物防疫檢疫局」臺中分局及高雄分局。

88年2月：
「經濟部商品檢驗局臺南分局」改制為「經濟部標準檢驗局臺南分局」，另臺灣省度量衡檢定所臺南分所同時歸併。

112年9月：                                                                                                                                                            配合行政院組織改造進行機關修編，由原經濟部商業司移入督導地方政府執行商品標示查核業務，機關名稱仍維持「經濟部標準檢驗局臺南分局」，業務單位名稱由第一至六課變更為「電資產品科」、「機械產品科」、「化工產品科」、「度量衡科」、「報驗發證科」及「市場監督科」。